Sebagai Arsitekturnya Abdul Wahid al-Wakil asal Mesir merancangnya dengan berbagai keunikan.Hanya berupa lantai keramik yang ditinggikan sekitar setengah meter dari sekitarnya dan berukuran tidak lebih dari 15m x 15 m.
Masjid Qisas memiliki 26 kubah yang berukuran kecil. Di sudut timur masjid terdapat menara tinggi sebagai simbol tempat ibadah tradisional.
Meski terlihat megah dan elegan, Keseraman dan kengerian terlihat disana, dikarenakan Masjid Qisas menjadi lokasi berlangsungnya eksekusi pancung terhadap para terpidana mati di Arab Saudi.***